Η Βιβλιοθήκη στο μουσείο Μπενάκη ιδρύθηκε το 1931, τη χρονιά που δωρήθηκε και εγκαινιάστηκε το Μουσείο. Η πρώτη της συλλογή περιλάμβανε τα προσωπικά βιβλία του ιδρυτή του Μουσείου, Αντώνη Μπενάκη, τα οποία αργότερα πλουτίστηκαν με αγορές, δωρεές και ανταλλαγές.
Μέχρι σήμερα έχει καταφέρει να συγκεντρώσει πάνω από 100.000 τόμους βιβλίων και περιοδικών, το περιεχόμενο των οποίων σχετίζεται με το υλικό των μουσειακών Συλλογών και υποστηρίζει την επιστημονική έρευνα και την παροχή πληροφοριών στα διάφορα τμήματα του Μουσείου.
Οι πολύτιμες συλλογές της Βιβλιοθήκης καλύπτουν τα ακόλουθα θέματα: ελληνική ιστορία και τέχνη από την αρχαιότητα έως τον 20ο αιώνα, λαογραφία, πνευματική ζωή, οικονομία και θρησκεία ιδιαίτερα της περιόδου της τουρκοκρατίας και των νεότερων χρόνων.
Η Βιβλιοθήκη είναι η μεγαλύτερη συλλογή βιβλίων που λειτουργεί μέσα σε Μουσείο στον ελλαδικό χώρο. Δεν είναι δανειστική, αλλά παραμένει ανοικτή στο κοινό για επιτόπια μελέτη, με δυνατότητα παροχής φωτοτυπιών, μικροφίλμ, φωτογραφιών και ψηφιακών εκτυπώσεων.
Η Βιβλιοθήκη διαθέτει μηχανογραφημένο online κατάλογο και διατηρεί τον παλαιό δελτιοκατάλογο ενημερωμένο. Συμμετέχει σε συνέδρια και ημερίδες, δανείζει υλικό της σε εκθέσεις στο εσωτερικό και το εξωτερικό, διοργανώνει ξεναγήσεις και διαλέξεις, εκδίδει καταλόγους και δημοσιεύει άρθρα σε περιοδικά.
Website